Build Heatmaps of Cell Frequencies and Marker Intensities for Correct Interpretations.

چکیده اصلی

High-content cytometry is an important technique in clinical research, producing data that is rich and complex to analyze. The resulting clusters of cells must be profiled to determine their role and function and analyzed to identify changes in cell frequency or marker intensity. The heat map is the most suitable tool for presenting this information in a synthetic way. However, its construction must be adapted to the information and the objective. Here we describe the step-by-step construction of heat maps of marker intensity and cell frequency using Excel, Phantasus, or R, including the conversion of numbers to colors and the organization of rows and columns. Researchers who master these steps will be able to correctly interpret heat maps and derive the most benefit from high-content cytometry.

ترجمه فارسی چکیده

سایتومتری با محتوای بالا (High-content cytometry) یک تکنیک مهم در تحقیقات بالینی است که داده‌های غنی و پیچیده تولید می‌کند. خوشه‌های سلولی ناشی از این تکنیک باید پروفایل‌گذاری شوند تا نقش و عملکرد آن‌ها مشخص شود و برای شناسایی تغییرات در فراوانی سلول‌ها یا شدت نشانگرها تحلیل گردند. نقشه گرم (Heatmap) مناسب‌ترین ابزار برای ارائه این اطلاعات به صورت هم‌بسته است. با این حال، ساخت آن باید متناسب با اطلاعات و هدف تنظیم شود. در اینجا مراحل ساخت مرحله‌به‌مرحله نقشه‌های گرم برای شدت نشانگر و فراوانی سلول با استفاده از اکسل، فانتاسوس یا R، شامل تبدیل اعداد به رنگ‌ها و سازماندهی ردیف‌ها و ستون‌ها، توصیف شده است. پژوهشگرانی که این مراحل را تسلط یابند، می‌توانند نقشه‌های گرم را به درستی تفسیر کرده و بیشترین سود را از سایتومتری با محتوای بالا ببرند.

متن کامل اصلی