Interrogating the Escherichia coli Epitranscriptome Via CRISPR Interference and Nanopore Native RNA Sequencing.
پخش حرفه‌ای فارسی و انگلیسی
در حال بررسی نسخه‌های صوتی ذخیره‌شده…
تنظیم صدای طبیعی و سرعت
صداهایی که در نامشان «Natural»، «Neural» یا «Online» دیده می‌شود معمولاً طبیعی‌ترند. انتخاب صدا به صداهای نصب‌شده در ویندوز و مرورگر شما بستگی دارد.
چکیده اصلی
Epitranscriptomics has recently gained significant momentum due to technological advances and translational applications; however, studies on bacterial RNA modifications remain limited. Bacterial RNA is notoriously prone to degradation, and methodologies to investigate the epitranscriptome are challenging. Prior research has shown RNA modifications modulate antimicrobial resistance, virulence and pathogenicity. This research employed CRISPR interference to knock down five known Escherichia coli rRNA modification genes (rlmF, rlmJ, rluD, rsmF and rsmG) in three E. coli strains. These isolates were investigated for growth delays, changes in the proteome and the influence on mRNA modifications via native RNA sequencing. CRISPRi adequately silenced the majority of RNA modification genes in E. coli (> 80% reduction). Significant growth delays were associated with rlmF, rluD and rsmF repression. Unique protein pathways corresponding with RNA modification loss were found for rlmJ (TreB, XylF), rluD (CysH, HycB, PutP, TrpB), rsmF (EvgA) and rsmG (OppC). Known rRNA modification sites for rluD (Ψ) and rsmG (m7G) were detected from analysis of nanopore electrical signal; however, only a weak signal was apparent for m6A (rlmF, rlmJ) and m5C (rsmF) modifications. The inhibition of rRNA modifications resulted in mRNA modification changes, including for genes ompC, cspC, dbhA, dbhB and secY. Our work provides an approach for unravelling the epitranscriptome of E. coli to gain insight into its functional role.
نتیجه فارسی
این مطالعه از تداخل کریسپر برای خاموش کردن ژن‌های اصلاح rRNA در اکالی فایبریشیا کولی استفاده کرد و نشان داد که این کار منجر به تاخیر در رشد و تغییرات در مسیرهای پروتئینی و تغییرات در تغییرات mRNA می‌شود. تغییرات rRNA با خاموشی ژن‌های rlmF، rluD و rsmF مشاهده شد.
- تداخل کریسپر اکثر ژن‌های اصلاح RNA را در اکالی فایبریشیا کولی با بیش از ۸۰٪ کاهش خاموش کرد.
- خاموشی ژن‌های rlmF، rluD و rsmF با تاخیر در رشد مرتبط بود.
- مسیرهای پروتئینی منحصر به فردی با از دست دادن تغییرات RNA برای ژن‌های rlmJ، rluD، rsmF و rsmG پیدا شد.
- تغییرات rRNA (Ψ و m7G) با استفاده از سیگنال الکتریکی نانوپور شناسایی شد.
- تأثیر بر تغییرات mRNA برای ژن‌های ompC، cspC، dbhA، dbhB و secY مشاهده شد.
ترجمه فارسی چکیده
اپیترانسکریپتوم اخیراً به دلیل پیشرفت‌های فناوری و کاربردهای ترجمه‌ای توجه زیادی را به خود جلب کرده است، اما مطالعات بر روی تغییرات RNA باکتریایی محدود باقی مانده است. این پژوهش از تداخل کریسپر برای خاموش کردن پنج ژن شناخته شده اصلاح rRNA در سه استرایک اکالی فایبریشیا کولی استفاده کرد. نتایج نشان داد که خاموشی این ژن‌ها باعث تاخیر در رشد، تغییرات در پروتئوم و تأثیر بر تغییرات mRNA شد.
روش پژوهش
تداخل کریسپر برای خاموش کردن پنج ژن اصلاح rRNA در سه استرایک اکالی فایبریشیا کولی استفاده شد. تغییرات rRNA و mRNA با توالی‌یابی RNA بومی نانوپور بررسی شدند.
محدودیت‌ها
محدودیت‌های روش‌شناختی و ماهیت تغییرپذیر RNA باکتریایی ذکر نشده است. سیگنال ضعیف برای برخی تغییرات (m6A و m5C) گزارش شد.
نمای PICO و پیامدها
- جمعیت
- سه استرایک اکالی فایبریشیا کولی
- مداخله/مواجهه
- تداخل کریسپر برای خاموش کردن ژن‌های rlmF، rlmJ، rluD، rsmF و rsmG
- مقایسه
- غیرمذکور در متن
- حجم نمونه
- غیرمذکور در متن
متن کامل اصلی
لینک مستقیم از metadata منبع گرفته شده و در تب جدید باز می‌شود.
باز کردن متن کامل