Cohort profile: Infant Gut Bacterial Study in Pakistan (INBUGS-P) longitudinal birth cohort.

چکیده اصلی

PURPOSE: The Infant Gut Bacterial Study in Pakistan (INBUGS-P) was established to characterise the longitudinal development of the infant gut microbiome and resistome during the first year of life in a low- and middle-income country setting. The influence of early-life exposures, including mode of delivery, antibiotic use and infant feeding practices on gut bacterial diversity and antimicrobial resistance gene (ARG) profiles is being evaluated. PARTICIPANTS: A total of 107 mother-infant pairs were recruited at the Pakistan Institute of Medical Sciences between December 2023 and June 2024. Follow-up was conducted at 10 predefined timepoints from birth to 12 months, during which 921 infant stool samples, 158 maternal rectal swabs, 246 breast milk samples and 2171 environmental swabs were collected. Sociodemographic, clinical, cultural and biological data were collected at enrolment and at each follow-up visit using Research Electronic Data Capture. FINDINGS TO DATE: Baseline characteristics of 98/107 mother-infant dyads are included in the analysis. The cohort reflects an urban low-income population: median household income was PKR 30,000 per month (approximately US$170 per capita per month). Caesarean section accounted for 55% (54/98) of deliveries; 13.0% of infants were late preterm, and 10.0% had low birth weight (<2500 g). Breastfeeding was the predominant feeding mode though only 24 infants were exclusively breastfed from birth to 6 months. Antibiotics were prescribed to almost all mothers following delivery, and 19 infants received antibiotics during follow-up, most commonly amikacin combined with ceftazidime. FUTURE PLAN: Shotgun metagenomic sequencing of infant stool samples is underway to enable species-level and plasmid-level profiling of microbial communities and ARGs. Subject to funding, hybrid long- and short-read sequencing and extended follow-up to 24 months are planned.

ترجمه فارسی چکیده

مطالعه باکتری‌های روده نوزاد در پاکستان (INBUGS-P) برای توصیف توسعه طولی میکروبیوم و مقاومت‌مندی روده نوزاد در سال اول زندگی در محیط کشورهای درآمد پایین و متوسط تأسیس شد. تأثیر قرارگیری‌های زودهنگام، از جمله روش زایمان، استفاده از آنتی‌بیوتیک و شیوه‌های تغذیه نوزاد بر تنوع باکتریایی و پروفایل ژن‌های مقاومت به آنتی‌بیوتیک ارزیابی می‌شود. مجموعاً ۷۹ زوج مادر-نوزاد در پژوهشگاه پزشکی پاکستان بین دسامبر ۲۰۲۳ و ژوئن ۲۰۲۴ جذب شدند. پیگیری در ۱۰ نقطه زمانی از تولد تا ۱۲ ماه انجام شد که در آن ۹۲۱ نمونه مدفوع نوزاد، ۱۵۸ نمونه کشت مقعد مادر، ۲۴۶ نمونه شیر مادر و ۲۱۷۱ نمونه محیطی جمع‌آوری گردید. ویژگی‌های پایه ۹۸/۱۰۷ زوج مادر-نوزاد در تحلیل گنجانده شده است. این کوهورت جمعیت شهری با درآمد پایین را منعکس می‌کند: درآمد خانوار میانگین ۳۰,۰۰۰ روپیه در ماه (حدود ۱۷۰ دلار در ماه به ازای هر نفر) بود. سزارین در ۵۵٪ (۵۴/۹۸) زایمان‌ها accounted بود؛ ۱۳٪ نوزادان زودرس بودند و ۱۰٪ وزن کم به دنیا آورده بودند. شیردهی شیوه غالب تغذیه بود، هرچند تنها ۲۴ نوزاد به طور انحصاری تا ۶ ماه شیر مادر خوردند. تقریباً تمام مادران پس از زایمان آنتی‌بیوتیک تجویز شد و ۱۹ نوزاد در طول پیگیری آنتی‌بیوتیک دریافت کردند، رایج‌ترین آن‌ها آمیکاسین همراه با سفتازیدیم. ترتیب‌یابی متاژنوم شلیک (Shotgun) نمونه‌های مدفوع نوزاد در حال انجام است تا توصیف میکروبیوم و ژن‌های مقاومت به آنتی‌بیوتیک در سطح گونه و پلاسمید امکان‌پذیر شود. طبق برنامه‌ریزی، ترتیب‌یابی ترکیبی بلند و کوتاه رشته و پیگیری تا ۲۴ ماه در صورت تأمین بودجه در نظر گرفته شده است.

متن کامل اصلی