Protocol for Detecting and Sequencing Chikungunya Virus from Field-Collected Mosquitoes.

چکیده اصلی

Arboviral diseases represent a major public health challenge, especially in tropical regions where environmental conditions may favor the proliferation and spread of mosquito vectors. Thus, early and accurate detection of chikungunya virus (CHIKV) in mosquito populations can be a valuable tool for effective surveillance of circulating variants and for identifying new viral introductions. Given the challenges of detecting arboviruses in field-captured mosquitoes, we describe an integrated workflow for CHIKV molecular detection and whole-genome sequencing. This protocol includes mosquito homogenization using a bead-based mechanical disruptor, RNA extraction using TRIzol reagent with minor modifications, molecular screening using CHIKV-specific RT-qPCR, and whole-genome amplification followed by sequencing on Illumina platforms. Despite the protocol being optimized for individual mosquitoes, it results in high-quality RNA suitable for both entomological surveillance and genomic analysis. As this protocol allows recovery of complete CHIKV genomes from mosquito specimens, it can serve as a basis for genomic epidemiology studies, enabling monitoring of viral diversity and lineage dynamics, and facilitating early detection of emerging variants to support timely and targeted public health interventions in endemic and at-risk regions.

ترجمه فارسی چکیده

بیماری‌های ویروسی ناقل‌دار (Arboviral) چالش‌های عمده‌ای را برای سلامت عمومی ایجاد می‌کنند، به‌ویژه در مناطق استوایی که شرایط محیطی ممکن است تکثیر و انتشار ناقل‌های مگس را تشویق کند. بنابراین، تشخیص زودهنگام و دقیق ویروس چیکونگونیا (CHIKV) در جمعیت مگس‌ها می‌تواند ابزاری ارزشمند برای نظارت مؤثر بر متغیرهای در گردش و شناسایی ورودهای جدید ویروسی باشد. با توجه به چالش‌های تشخیص ویروس‌های ناقل‌دار در مگس‌های صید شده در میدان، ما یک جریان کار یکپارچه برای تشخیص مولکولی CHIKV و توالی‌یابی ژنوم کامل را توصیف می‌کنیم. این پروتکل شامل هموژن‌سازی مگس با استفاده از مکانیزمی مکانیکی مبتنی بر گلوله، استخراج RNA با استفاده از رژیم TRIzol با تغییرات جزئی، غربالگری مولکولی با استفاده از RT-qPCR اختصاصی CHIKV، و تکثیر ژنوم کامل به دنبال توالی‌یابی در پلتفرم‌های Illumina است. با وجود اینکه این پروتکل برای مگس‌های فردی بهینه شده است، نتیجه آن RNA با کیفیت بالا است که برای نظارت انگل‌شناسی و تحلیل ژنوم مناسب است. از آنجا که این پروتکل امکان بازیابی ژنوم‌های کامل CHIKV از نمونه‌های مگس را فراهم می‌کند، می‌تواند به عنوان پایه‌ای برای مطالعات اپیدمیولوژی ژنومیک عمل کند و نظارت بر تنوع ویروسی و دینامیک خطوط را ممکن می‌سازد و تشخیص زودهنگام متغیرهای ظاهر‌شونده را تسهیل می‌کند تا اقدامات به موقع و هدفمند سلامت عمومی را در مناطق بومی و در معرض خطر پشتیبانی کند.

متن کامل اصلی