Optimized Amplicon Strategy for Long-Read Sequencing of the Chikungunya Virus Genome.

چکیده اصلی

Chikungunya virus (CHIKV) is a positive-sense RNA alphavirus transmitted to humans primarily by Aedes aegypti and Aedes albopictus mosquitoes. Its global circulation and significant public health impact underscore the need to better understand the molecular mechanisms driving CHIKV pathogenesis and transmission. Although robust molecular biology methods exist for CHIKV genome sequencing, a major limitation for surveillance and research is the inability to determine whether two nucleotide variations co-occur within the same viral genome when they are separated beyond the span of typical short-read designs. Here, we describe an optimized approach for processing CHIKV RNA samples that generates large amplicons suitable for long-read nanopore sequencing. This protocol enables amplification of the complete CHIKV genome in only two or three amplicons and facilitates detection of co-occurring nucleotide variations across 4-7.5 kb within the same molecule, thereby simplifying sequencing workflows and improving resolution in studies of viral evolution.

ترجمه فارسی چکیده

ویروس چیکونگونیا (CHIKV) یک آلفاویروس RNA با سین-معنوی مثبت است که به طور اصلی توسط مگس‌های آیدس آئیگیپتی و آیدس آلبوپیکتوس به انسان منتقل می‌شود. توزیع جهانی و تأثیر عمومی سلامت آن، نیاز به درک بهتر از مکانیسم‌های مولکولی رانش بیماری‌زایی و انتقال CHIKV را برجسته می‌کند. اگرچه روش‌های زیست‌شناسی مولکولی قدرتمندی برای توالی‌یابی ژنوم CHIKV وجود دارد، یک محدودیت بزرگ برای نظارت و تحقیق، ناتوانی در تعیین این است که آیا دو تغییر نوکلئوتیدی در یک ژنوم ویروسی در کنار هم رخ می‌دهند یا خیر، زمانی که آنها از دام طراحی‌های معمولی کوتاه‌رشته جدا شده باشند. در اینجا، ما رویکردی بهینه‌شده برای پردازش نمونه‌های RNA CHIKV را توصیف می‌کنیم که آمپلیکون‌های بزرگ را برای توالی‌یابی نانوپور تولید می‌کند. این پروتکل امکان آمپلیفیکاسیون کامل ژنوم CHIKV را در فقط دو یا سه آمپلیکون فراهم می‌کند و تشخیص تغییرات نوکلئوتیدی هم‌زمان در طول ۴ تا ۷.۵ کیلوبایت در یک مولکول را تسهیل می‌نماید، که در نتیجه جریان کار توالی‌یابی را ساده‌تر کرده و رزولوشن را در مطالعات تکامل ویروسی بهبود می‌بخشد.

متن کامل اصلی