Genome-Wide Quantification of Protein-DNA Interactions in Chlamydia Using ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation/Deep Sequencing).

چکیده اصلی

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) measures binding between a specific protein and its in vivo DNA-binding sites. It is challenging to perform ChIP for bacteria that reside inside a eukaryotic cell, but we have optimized this method for Chlamydia-infected cells and used it to identify genome-wide binding sites of chlamydial transcription factors and sigma factors. The ability to measure protein-DNA interactions in intracellular chlamydiae without the need to isolate bacteria from the host cell allows changes in DNA binding to be measured during the Chlamydia developmental cycle and under different growth conditions. In this chapter, we provide a detailed protocol for Chlamydia ChIP by describing how to cross-link proteins to DNA, shear chlamydial chromatin into DNA fragments, and immunoprecipitate protein-DNA complexes with specific antibodies against the protein of interest. After a decrosslinking step, DNA fragments are analyzed by qPCR to measure binding to individual DNA-binding sites, or with deep sequencing for unbiased identification of genome-wide binding sites.

ترجمه فارسی چکیده

ایمونوپرشیون کروماتین (ChIP) میزان پیوند یک پروتئین خاص با سایت‌های DNA-bindinge درون‌زیستی آن را اندازه می‌گیرد. انجام ChIP برای باکتری‌هایی که درون سلول‌های یوکاریوتی زندگی می‌کنند چالش‌برانگیز است، اما ما این روش را برای سلول‌های آلوده به کلامیدیا بهینه‌سازی کرده و از آن برای شناسایی سایت‌های جهانی پیوند عوامل ترنسکریپتونی و فاکتورهای سیگما کلامیدیا استفاده کرده‌ایم. توانایی اندازه‌گیری تعاملات پروتئین-DNA در کلامیدیا‌های درون‌سلولی بدون نیاز به جداسازی باکتری از میزبان، امکان اندازه‌گیری تغییرات در پیوند DNA را در طول چرخه تکاملی کلامیدیا و تحت شرایط رشد مختلف فراهم می‌کند. در این فصل، ما یک پروتکل دقیق برای ChIP کلامیدیا ارائه می‌دهیم که توصیف می‌کند چگونه پروتئین‌ها را به DNA کروس‌لینک کنیم، کروماتین کلامیدیا را به قطعات DNA برش دهیم و پیوندهای پروتئین-DNA را با آنتی‌بادی‌های خاص علیه پروتئین مورد نظر ایمونوپرشیون کنیم. پس از مرحله دکروس‌لینکینگ، قطعات DNA با qPCR برای اندازه‌گیری پیوند به سایت‌های خاص DNA یا با توصیف عمیق برای شناسایی بی‌طرفانه سایت‌های جهانی پیوند تحلیل می‌شوند.

متن کامل اصلی