Molecular Epidemiology and Evolution of Swine Influenza A Viruses, Vietnam, 2020-2024.

چکیده اصلی

Swine influenza A viruses (IAV-S) caused the 2009 H1N1 pandemic and pose a future zoonotic and pandemic threat. Vietnam represents a critical hotspot for IAV-S emergence within East and Southeast Asia, with dense swine and human populations and intensive livestock trade. We conducted genomic surveillance of IAV-S in Vietnam during 2020-2024, extending previous surveillance from 2013-2019. We identified multiple co-circulating H1 and H3 clades, including pandemic H1N1, Eurasian avian-like, and European lineages, by conducting phylogenetic analysis of 56 IAV-S isolates (21 H1N1, 31 H1N2, and 4 H3N2). Three H1 clades persisted exclusively in Vietnam, circulating up to 12 years. Phylogeographic analysis revealed multiple independent introduction events from North America, Europe, China, Thailand, and Cambodia. We detected extensive reassortment that frequently involved pandemic H1N1 virus internal genes. We identified several lineage-specific mutations associated with mammalian adaptation. Our findings underscore the ongoing IAV-S evolution and need for sustained surveillance in Vietnam.

ترجمه فارسی چکیده

ویروس‌های آنفولانزای A خوک (IAV-S) عامل همه‌گیری ۲۰۰۹ H1N1 بودند و تهدید آینده‌ای برای بیماری‌های زونوتیک و همه‌گیری ایجاد می‌کنند. ویتنام نقطه گرم حیاتی برای ظهور IAV-S در شرق و جنوب شرق آسیا است. ما پایش ژنومیک IAV-S در ویتنام در سال‌های ۲۰۲۰-۲۰۲۴ انجام دادیم. تحلیل فیلوژنتیک ۵۶ ایزوله IAV-S (۲۱ H1N1، ۳۱ H1N2 و ۴ H3N2) نشان داد که چندین شاخه H1 و H3 همزمان در گردش هستند. سه شاخه H1 به طور انحصاری در ویتنام باقی ماندند. تحلیل فیلوژئوگرافیک ورودی‌های مستقل از آمریکای شمالی، اروپا، چین، تایلند و کامبوج را نشان داد. هم‌ترکیبی گسترده و شامل ژن‌های داخلی ویروس H1N1 همه‌گیری مشاهده شد. چندین جهش خاص شاخه مرتبط با سازگاری با پستانداران شناسایی شد.

متن کامل اصلی