Identification of Mycoviral Infections.

چکیده اصلی

High-throughput sequencing of total RNA has permitted the detection of novel mycoviruses in fungi with different types of genomes, including mycoviruses with double-stranded RNA, single-stranded positive- or negative-stranded RNA, or single-stranded DNA genomes. However, in silico detection of mycoviruses is not always sufficient to guarantee their presence in sequenced samples, especially in the case of the discovery of unique mycoviruses, and additional analyses are required to validate in vivo the data obtained by bioinformatics analysis. This chapter provides comprehensive protocols for the extraction of total RNA from the plant pathogenic fungus Botrytis cinerea for next-generation sequencing (NGS), outlines the bioinformatics pipeline designed and followed to detect mycoviruses in the sequenced samples, and details the detection in vivo and the complete molecular characterization of the mycoviruses identified in silico.

ترجمه فارسی چکیده

توالی‌یابی با کیفیت بالا از کل RNA امکان شناسایی میکوویروس‌های جدید در قارچ‌ها با انواع مختلف ژنوم، از جمله میکوویروس‌های دارای RNA دو رشته‌ای، RNA تک‌رشته‌ای مثبت یا منفی، یا ژنوم DNA تک‌رشته‌ای را فراهم کرده است. با این حال، شناسایی درون‌محاسباتی (in silico) میکوویروس‌ها همیشه کافی نیست تا حضور آن‌ها در نمونه‌های توالی‌یابی را تضمین کند، به‌ویژه در مورد کشف میکوویروس‌های منحصر‌به‌فرد، و تحلیل‌های اضافی برای تأیید درون‌زندگی (in vivo) داده‌های به‌دست‌آمده از تحلیل بیوانفورماتیک مورد نیاز است. این فصل پروتکل‌های جامعی برای استخراج کل RNA از قارچ بیماری‌زا باتریس سینیرا برای توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) ارائه می‌دهد، خط لوله بیوانفورماتیک طراحی و دنبال‌شده برای شناسایی میکوویروس‌ها در نمونه‌های توالی‌یابی را خلاصه می‌کند و تشخیص درون‌زندگی و توصیف مولکولی کامل میکوویروس‌های شناسایی‌شده درون‌محاسباتی را تشریح می‌کند.

متن کامل اصلی