PubMed چکیده/رکورد

A Modelling Approach to Resolve Gene Temporal Dynamics in Intestinal Inflammation.

Shivam Patel, Brinda Balasubramanian, Paloma Ordóñez-Morán• 2027• Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
استودیوی صوتی مقاله

پخش حرفه‌ای فارسی و انگلیسی

در حال بررسی نسخه‌های صوتی ذخیره‌شده…

صوت تولیدشده با هوش مصنوعی است. برای کاربرد علمی یا درمانی، متن و منبع اصلی را بررسی کنید.
خواندن هوشمند فارسی و انگلیسی در حال آماده‌سازی صداهای مرورگر…
تنظیم صدای طبیعی و سرعت

صداهایی که در نامشان «Natural»، «Neural» یا «Online» دیده می‌شود معمولاً طبیعی‌ترند. انتخاب صدا به صداهای نصب‌شده در ویندوز و مرورگر شما بستگی دارد.

چکیده اصلی

The intestinal epithelium is maintained by stem cells at the crypt base, however, acute or chronic inflammation can severely disrupt stem cell function and tissue homeostasis. To characterize mucosal inflammation and tissue damage, we evaluated time-course gene expression changes using a dextran sulfate sodium (DSS)-induced mouse model of colitis. By applying normalization, Z-score transformation, and spline curve modeling, we trace the temporal expression dynamics of key intestinal genes. This computational approach offer insights into the molecular responses during inflammation and may help identifying new biomarkers for chronic inflammatory diseases.

نتیجه فارسی

این مطالعه از یک مدل موش‌های التهاب‌زا ناشی از DSS برای ردیابی تغییرات بیان ژن در طول زمان استفاده می‌کند. محققان از روش‌های نرمال‌سازی و مدل‌سازی منحنی اسپلاین برای تحلیل دینامیک‌های زمانی ژن‌های کلیدی روده بهره بردند. این رویکرد محاسباتی می‌تواند به درک پاسخ‌های مولکولی در حین التهاب و شناسایی نشانگرهای بالقوه برای بیماری‌های التهابی مزمن کمک کند.

  • استفاده از مدل DSS برای شبیه‌سازی التهاب روده
  • تحلیل دینامیک‌های زمانی بیان ژن با مدل‌سازی منحنی اسپلاین
  • هدف: درک پاسخ‌های مولکولی و شناسایی نشانگرهای بالقوه

ترجمه فارسی چکیده

اپیتلیوم روده توسط سلول‌های بنیادی در پایین لایه مخاطی نگهداری می‌شود، اما التهاب حاد یا مزمن می‌تواند عملکرد سلول‌های بنیادی و تعادل بافت را به شدت مختل کند. برای توصیف التهاب مخاطی و آسیب بافت، تغییرات بیان ژن در طول زمان را با استفاده از مدل موش‌های التهاب‌زا ناشی از سدیم سولفات دکستران (DSS) ارزیابی کردیم. با اعمال نرمال‌سازی، تبدیل امتیاز Z و مدل‌سازی منحنی اسپلاین، دینامیک‌های بیان زمانی ژن‌های کلیدی روده را ردیابی کردیم. این رویکرد محاسباتی بینش‌هایی در مورد پاسخ‌های مولکولی در حین التهاب ارائه می‌دهد و ممکن است به شناسایی نشانگرهای جدید برای بیماری‌های التهابی مزمن کمک کند.

روش پژوهش

ارزیابی تغییرات بیان ژن در طول زمان با استفاده از مدل موش‌های التهاب‌زا DSS. اعمال نرمال‌سازی، تبدیل امتیاز Z و مدل‌سازی منحنی اسپلاین.

محدودیت‌ها

مطالعه بر روی مدل‌های موش انجام شده است و نتایج ممکن است در انسان تکرار نشود. دقت مدل‌سازی وابسته به کیفیت داده‌های بیان ژن است.

استخراج ساختاریافته از متن منبع

نمای PICO و پیامدها

جمعیت
موش‌های التهاب‌زا ناشی از DSS
مداخله/مواجهه
مدل التهاب روده ناشی از DSS
مقایسه
ندارد
حجم نمونه
ندارد

متن کامل اصلی

متن در JumpToDate ذخیره نشده است.

برای بررسی دسترسی کتابخانه‌ای یا خرید، رکورد اصلی را باز کنید.

رفتن به منبع اصلی

کلیدواژه‌ها

DSS mouse modelInflammationSpline curve modelingStem cellsTranscriptomics
در همین زیرشاخه

مقاله‌های مرتبط

PubMed2027

A Standardized Protocol for Generating iPSC-Derived Human Microglia for Functional Genomic Assays.

Human induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived microglia (iMG) provide an in vitro experimental system for studying human microglial biology, neuroinflammation, and genetic risk mechanisms associated with neurological disease. This chapter describes a standardized, scalable, and reproducible protocol for the differentiation of human iPSCs into functional microglia-like cells, with particular emphasis on applications in transcriptio…

PubMed2027

B-Cell Aware Analysis of Single-Cell Transcriptomics Data.

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has facilitated the studies of cellular heterogeneity in many different biological contexts, including how B cells function and mediate immune responses to infection, malignancies, and autoimmunity. scRNA-seq as applied to B cells requires specific bioinformatics strategies, which consider the distinct biology of B cells and biological processes unique to these cells, such as somatic hypermutation…

PubMed2027

Combined Lipidomic and Metabolomic Analyses on Cardiac Organoids.

Cardiac organoids are increasingly used to model human cardiac development and disease, but their small size often limits molecular characterization, especially if different approaches and protocols are necessary to extract and quantify metabolites and lipids. Here, we present a multistep workflow for combined targeted free amino-acid (FAA) based metabolomic and lipidomic profiling from a single pooled cardiac organoid sample. The prot…

PubMed2027

Computational Network Analysis for Defining Transcriptional Programs.

Cancer cell identity is governed by coordinated transcriptional programs that are frequently rewired during tumorigenesis. Systematic identification of cancer type-specific gene regulatory networks provides a framework for understanding oncogenic state transitions and for prioritizing candidate therapeutic targets. Here, we present a reproducible network-based workflow for reconstructing and analyzing transcriptional regulatory program…