Genome Assembly and Annotation of a Plant Pathogen Using the Example of Botrytis cinerea.

چکیده اصلی

The availability of a high-quality genome assembly facilitates the analysis of fungal genomes. This chapter outlines the tools and steps involved in genome sequence assembly and annotation of a plant pathogen, Botrytis cinerea. We describe the use of Illumina short-read and Oxford Nanopore long-read sequencing data to assemble the B. cinerea genome. The steps include the pre-processing of sequencing data, genome assembly using Flye, scaffolding with NtLink, and polishing with Racon, Medaka, and NextPolish. The quality of the final assembly is evaluated using BUSCO, which serves as a benchmark for the completeness of a genome. We also provide details on the identification and masking of repetitive elements using the EarlGrey pipeline, as well as the gene prediction and annotation process with Funannotate. The methodologies and insights described can be applied to genome research in other fungal species.

ترجمه فارسی چکیده

در دسترس بودن یک سازماندهی ژنوم با کیفیت بالا برای تحلیل ژنوم‌های قارچی تسهیل می‌شود. این فصل مراحل و ابزارهای درگیر در سازماندهی و توصیف توالی ژنوم یک عامل بیماری گیاهی، Botrytis cinerea را شرح می‌دهد. ما استفاده از داده‌های توالی‌کشی کوتاه‌خوان Illumina و داده‌های توالی‌کشی بلندخوان Oxford Nanopore برای سازماندهی ژنوم B. cinerea را توصیف می‌کنیم. مراحل شامل پیش‌پردازش داده‌های توالی‌کشی، سازماندهی ژنوم با استفاده از Flye، scaffolding با NtLink، و polishing با Racon، Medaka و NextPolish است. کیفیت سازماندهی نهایی با استفاده از BUSCO ارزیابی می‌شود که به عنوان معیاری برای کامل بودن یک ژنوم عمل می‌کند. ما همچنین جزئیات مربوط به شناسایی و ماسک کردن عناصر تکراری با استفاده از خط لوله EarlGrey، و همچنین فرآیند پیش‌بینی ژن و توصیف با Funannotate را ارائه می‌دهیم. روش‌شناسی‌ها و بینش‌های توصیف شده می‌توانند در تحقیقات ژنوم در سایر گونه‌های قارچی اعمال شوند.

متن کامل اصلی