Genome of the tardigrade Cucumibius annulatus: functional annotation and specific proteins.
پخش حرفه‌ای فارسی و انگلیسی
در حال بررسی نسخه‌های صوتی ذخیره‌شده…
تنظیم صدای طبیعی و سرعت
صداهایی که در نامشان «Natural»، «Neural» یا «Online» دیده می‌شود معمولاً طبیعی‌ترند. انتخاب صدا به صداهای نصب‌شده در ویندوز و مرورگر شما بستگی دارد.
چکیده اصلی
Tardigrades are microscopic invertebrates renowned for their capacity to survive extreme environmental conditions, yet stress tolerance strategies vary substantially across the phylum. Here we present the first genome assembly and annotation for the superfamily Isohypsibioidea - the most basal group within the order Parachela - represented by freshwater species Cucumibius annulatus. The draft genome (73 Mb, N50 = 96.4 kb, BUSCO 87.1%) was assembled from short-read data. Orthogroup-based comparison against three reference tardigrades and two ecdysozoan outgroups (Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster) identified a set of orthogroups unique to C. annulatus. Canonical tardigrade heat-soluble protein families (CAHS, SAHS, MAHS) are present but at lower copy numbers than in other sequenced Parachela, and trehalose biosynthesis enzymes are absent, consistent with the non-anhydrobiotic lifestyle of the species. This study provides a genomic resource for a newly established genus and a comparative framework for interpreting ancestral genomic features of Parachela.
نتیجه فارسی
مطالعه، نخستین مونتاژ ژنوم و آنوتاسیون برای زیرتیره Isohypsibioidea و گونه Cucumibius annulatus را گزارش می‌دهد. ژنوم پیش‌نویس 73 مگابایت و BUSCO 87.1% گزارش شده است. پروتئین‌های حل‌شونده حرارتی کلاسیک تردیگراد وجود دارند اما تعداد کپی‌های کمتری نسبت به سایر Parachelaها دارند و آنزیم‌های تروالز غایب است که با سبک زندگی غیرآندروبیوتیک سازگار است.
- مونتاژ و آنوتاسیون ژنوم برای زیرتیره Isohypsibioidea و گونه Cucumibius annulatus ارائه شده است.
- ژنوم پیش‌نویس 73 مگابایت و BUSCO 87.1% گزارش شده است.
- خانواده‌های پروتئین‌های حل‌شونده حرارتی کلاسیک تردیگراد (CAHS، SAHS، MAHS) وجود دارند اما تعداد کپی‌های کمتری نسبت به سایر Parachelaها دارند.
- آنزیم‌های بیوسنتز تروالز غایب است که با سبک زندگی غیرآندروبیوتیک این گونه سازگار است.
ترجمه فارسی چکیده
تردیگرادها، بی‌مهرگان میکروسکوپی، به خاطر توانایی بقا در شرایط محیطی شدید شناخته می‌شوند، اما استراتژی‌های تحمل استرس در سرده متفاوت است. در اینجا نخستین مونتاژ و آنوتاسیون ژنوم برای زیرتیره Isohypsibioidea - پایه‌ترین گروه در راسته Parachela - که با گونه آب شیرین Cucumibius annulatus نمایان می‌شود، ارائه شده است. ژنوم پیش‌نویس (73 مگابایت، N50 = 96.4 کیلوبایت، BUSCO 87.1%) از داده‌های خوان کوتاه مونتاژ شده است. مقایسه مبتنی بر گروه هم‌خانواده با سه تردیگراد مرجع و دو گروه بیرونی Ecdysozoa (Caenorhabditis elegans، Drosophila melanogaster) مجموعه‌ای از گروه‌های هم‌خانواده منحصر به C. annulatus را شناسایی کرد. خانواده‌های پروتئین‌های حل‌شونده حرارتی کلاسیک تردیگراد (CAHS، SAHS، MAHS) وجود دارند اما تعداد کپی‌های کمتری نسبت به سایر Parachelaهای توصیف شده دارند و آنزیم‌های بیوسنتز تری‌ساکارید (تروالز) غایب هستند که با سبک زندگی غیرآندروبیوتیک این گونه سازگار است. این مطالعه منبع ژنومیک برای یک سرده تازه تأسیس شده و چارچوب مقایسه‌ای برای تفسیر ویژگی‌های ژنوم فرضی Parachela فراهم می‌کند.
روش پژوهش
ژنوم پیش‌نویس از داده‌های خوان کوتاه مونتاژ شده است. مقایسه مبتنی بر گروه هم‌خانواده با سه تردیگراد مرجع و دو گروه بیرونی Ecdysozoا انجام شده است.
محدودیت‌ها
متن به طور کامل در دسترس نیست.
نمای PICO و پیامدها
- جمعیت
- تردیگراد Cucumibius annulatus (زیرتیره Isohypsibioidea)
- مداخله/مواجهه
- مونتاژ ژنوم و آنوتاسیون عملکردی
- مقایسه
- سه تردیگراد مرجع و دو گروه بیرونی Ecdysozoa (Caenorhabditis elegans، Drosophila melanogaster)
- حجم نمونه
- 73 مگابایت (N50 = 96.4 کیلوبایت)
متن کامل اصلی
برای بررسی دسترسی کتابخانه‌ای یا خرید، رکورد اصلی را باز کنید.
رفتن به منبع اصلی