Mass Spectrometry-Based Proteomics of Intestinal Organoids.

چکیده اصلی

Proteomics, the large-scale study of proteins, enables the identification, quantification, and functional characterization of proteins, revealing post-translational modifications and protein interactions that are not apparent from transcriptomic data. Human organoids, which recapitulate the structural and functional complexity of native epithelial tissues, provide powerful tools to study disease mechanisms and personalize therapies. However, their culture poses challenges for efficient protein extraction and reproducible analysis. Here, we present a proteomics workflow optimized to maximize protein recovery from Matrigel-encased organoids. Samples were processed using S-Trap microcolumns to minimize losses, followed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) in data-independent acquisition (DIA/SWATH-MS) mode for comprehensive, untargeted quantification. Library-free computational analysis using DIA-NN, combined with differential expression analysis, enabled sensitive detection of key proteins in intestinal organoids.

ترجمه فارسی چکیده

پروتئومیک، مطالعه مقیاس بزرگ پروتئین‌ها، شناسایی، کمی‌سازی و توصیف عملکردی پروتئین‌ها را امکان‌پذیر می‌کند و تغییرات پس از ترجمه و تعاملات پروتئینی را که از داده‌های ترنسکریپتومیک دیده نمی‌شوند، آشکار می‌سازد. اندامک‌های انسانی که پیچیدگی ساختاری و عملکردی بافت‌های اپیتلیال بومی هم‌خوانی دارند، ابزارهای قدرتمندی برای مطالعه مکانیسم‌های بیماری و داروهای شخصی‌سازی شده هستند. با این حال، کشت آن‌ها چالش‌هایی را برای استخراج مؤثر پروتئین و تحلیل قابل تکرار ایجاد می‌کند. در اینجا، ما یک جریان کار پروتئومیک را که برای حداکثر بازگرداندن پروتئین از اندامک‌های محصور شده در ماتریژل بهینه شده است، ارائه می‌دهیم. نمونه‌ها با استفاده از ستون‌های میکرو S-Trap برای حداقل کردن از دست دادن‌ها پردازش شدند و سپس با استفاده از اسپکتروم‌سنجی جرمی-کروماتوگرافی مایع (LC-MS) در حالت به‌دست‌آوری مستقل از داده (DIA/SWATH-MS) برای کمی‌سازی جامع و بدون هدف انجام شد. تحلیل محاسباتی بدون کتابخانه با استفاده از DIA-NN، همراه با تحلیل بیان متغیر، امکان تشخیص حساس پروتئین‌های کلیدی در اندامک‌های روده‌ای را فراهم کرد.

متن کامل اصلی