PubMed چکیده/رکورد

Workflow for Long-Read Amplicon Sequencing of Chikungunya Virus Using Oxford Nanopore Technology.

Francesco Branda, Massimo Ciccozzi, Fabio Scarpa• 2027• Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
استودیوی صوتی مقاله

پخش حرفه‌ای فارسی و انگلیسی

در حال بررسی نسخه‌های صوتی ذخیره‌شده…

صوت تولیدشده با هوش مصنوعی است. برای کاربرد علمی یا درمانی، متن و منبع اصلی را بررسی کنید.
خواندن هوشمند فارسی و انگلیسی در حال آماده‌سازی صداهای مرورگر…
تنظیم صدای طبیعی و سرعت

صداهایی که در نامشان «Natural»، «Neural» یا «Online» دیده می‌شود معمولاً طبیعی‌ترند. انتخاب صدا به صداهای نصب‌شده در ویندوز و مرورگر شما بستگی دارد.

چکیده اصلی

This protocol provides a comprehensive, step-by-step workflow for whole-genome sequencing of Chikungunya virus (CHIKV) using an amplicon-based strategy optimized for Oxford Nanopore Technologies (ONT) platforms. The procedure includes detailed instructions for sample handling, viral RNA extraction, quality control, cDNA synthesis, multiplex PCR amplification, library preparation, sequencing, and primary bioinformatic processing. The protocol is designed to maximize reproducibility across laboratories and is suitable for genomic surveillance applications, including outbreak investigation and molecular epidemiology, even when working with low-to-moderate viral loads.

نتیجه فارسی

این پروتکل یک روش جامع برای توالی‌یابی ژنوم کامل ویروس چیکونگونیا با استفاده از تکنولوژی اکسفورد نانوپور است. این روش شامل مراحل استخراج رنا، آمپلیفیکاسیون PCR و آماده‌سازی کتابخانه است. پروتکل برای کاربردهای نظارت ژنومیک و بررسی شیوع بیماری طراحی شده است.

  • روند کار مبتنی بر آمپلیکون برای پلتفرم‌های اکسفورد نانوپور
  • شامل مراحل استخراج رنا، PCR و آماده‌سازی کتابخانه
  • طراحی شده برای تکرارپذیری در آزمایشگاه‌های مختلف
  • مناسب برای نظارت ژنومیک و بررسی شیوع بیماری

ترجمه فارسی چکیده

این پروتکل یک روند کار گام‌به‌گام جامع برای توالی‌یابی ژنوم کامل ویروس چیکونگونیا (CHIKV) با استفاده از استراتژی مبتنی بر آمپلیکون، بهینه‌شده برای پلتفرم‌های تکنولوژی اکسفورد نانوپور (ONT) ارائه می‌دهد. این روش شامل دستورالعمل‌های دقیق برای مدیریت نمونه، استخراج رنا ویروسی، کنترل کیفیت، سنتز cDNA، آمپلیفیکاسیون PCR چندگانه، آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی و پردازش بیوانفورماتیک اولیه است. این پروتکل برای حداکثر کردن تکرارپذیری در آزمایشگاه‌ها طراحی شده و برای کاربردهای نظارت ژنومیک، از جمله بررسی شیوع بیماری و اپیدمیولوژی مولکولی، حتی با بارهای ویروسی کم تا متوسط مناسب است.

روش پژوهش

روند کار شامل استخراج رنا، سنتز cDNA، آمپلیفیکاسیون PCR چندگانه، آماده‌سازی کتابخانه و توالی‌یابی با استفاده از پلتفرم‌های اکسفورد نانوپور است.

محدودیت‌ها

محدودیت‌ها در متن گزارش نشده‌اند.

استخراج ساختاریافته از متن منبع

نمای PICO و پیامدها

جمعیت
ویروس چیکونگونیا (CHIKV)
مداخله/مواجهه
توالی‌یابی ژنوم کامل با استفاده از تکنولوژی اکسفورد نانوپور
مقایسه
مورد مقایسه قرار نگرفته است.
حجم نمونه
تعداد نمونه در متن گزارش نشده است.

متن کامل اصلی

متن در JumpToDate ذخیره نشده است.

برای بررسی دسترسی کتابخانه‌ای یا خرید، رکورد اصلی را باز کنید.

رفتن به منبع اصلی

کلیدواژه‌ها

Amplicon-based sequencingChikungunya virusGenomic surveillanceMolecular epidemiologyMultiplex PCRNext-generation sequencingOxford Nanopore TechnologiesProtocolViral RNAWhole-genome sequencing
در همین زیرشاخه

مقاله‌های مرتبط

PubMed2027

A Modelling Approach to Resolve Gene Temporal Dynamics in Intestinal Inflammation.

The intestinal epithelium is maintained by stem cells at the crypt base, however, acute or chronic inflammation can severely disrupt stem cell function and tissue homeostasis. To characterize mucosal inflammation and tissue damage, we evaluated time-course gene expression changes using a dextran sulfate sodium (DSS)-induced mouse model of colitis. By applying normalization, Z-score transformation, and spline curve modeling, we trace th…

PubMed2027

A Standardized Protocol for Generating iPSC-Derived Human Microglia for Functional Genomic Assays.

Human induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived microglia (iMG) provide an in vitro experimental system for studying human microglial biology, neuroinflammation, and genetic risk mechanisms associated with neurological disease. This chapter describes a standardized, scalable, and reproducible protocol for the differentiation of human iPSCs into functional microglia-like cells, with particular emphasis on applications in transcriptio…

PubMed2027

B-Cell Aware Analysis of Single-Cell Transcriptomics Data.

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has facilitated the studies of cellular heterogeneity in many different biological contexts, including how B cells function and mediate immune responses to infection, malignancies, and autoimmunity. scRNA-seq as applied to B cells requires specific bioinformatics strategies, which consider the distinct biology of B cells and biological processes unique to these cells, such as somatic hypermutation…

PubMed2027

Combined Lipidomic and Metabolomic Analyses on Cardiac Organoids.

Cardiac organoids are increasingly used to model human cardiac development and disease, but their small size often limits molecular characterization, especially if different approaches and protocols are necessary to extract and quantify metabolites and lipids. Here, we present a multistep workflow for combined targeted free amino-acid (FAA) based metabolomic and lipidomic profiling from a single pooled cardiac organoid sample. The prot…