Systematic Analysis of Tumor Microenvironment Using IOBR.

چکیده اصلی

The Immuno-Oncology Biological Research (IOBR) package is an R-based analysis tool for exploring the tumor microenvironment (TME) and its influence on anti-tumor immunity. Built for high-throughput data-spanning both transcriptomic and genomic profiles-IOBR integrates six analytical modules, including transcriptomic data preprocessing, TME profiling, TME pattern identification, ligand-receptor interaction analysis, genome-TME interaction assessment, and visualization. In this chapter, we walk through a multi-omics workflow using example datasets, illustrating data preparation, distribution analyses, result interpretation, and graphical output. IOBR is open source and is available at https://github.com/IOBR/IOBR and a detailed GitBook ( https://iobr.github.io/book/ ) offers a complete manual and analysis guide for each function.

ترجمه فارسی چکیده

بسته تحقیقات زیست‌شناسی ایمونو-سرطان (IOBR) یک ابزار تحلیلی مبتنی بر R برای بررسی محیط تومور (TME) و تأثیر آن بر ایمنی ضد تومور است. این بسته برای داده‌های با وابستگی بالا (شامل پروفایل‌های ترنسکریپتومیک و ژنومیک) ساخته شده و شامل شش ماژول تحلیلی شامل پیش‌پردازش داده‌های ترنسکریپتومیک، پروفایل‌سازی TME، شناسایی الگوهای TME، تحلیل تعامل لیگاند-گیرنده، ارزیابی تعامل ژنوم-TME و ویزualization است. در این فصل، یک جریان کار چند-اومیک با استفاده از داده‌های نمونه، شامل آماده‌سازی داده‌ها، تحلیل‌های توزیعی، تفسیر نتایج و خروجی‌های گرافیکی توضیح داده می‌شود. IOBR متن‌باز است و در دسترس است.

متن کامل اصلی