A refined phylochronology of the second plague pandemic in Western Eurasia.

چکیده اصلی

The origin and spread of consecutive outbreaks of the second plague pandemic in Europe (14th to 18th c.) are still poorly understood, although over one hundred ancient Yersinia pestis genomes and a vast corpus of documentary data have been collected. For most ancient genomes, radiocarbon (RC) dates regularly spanning more than 100 y are the only temporal information. This hampers an association with historically recorded outbreaks and limits our understanding of the microevolution and phylogeography of Y. pestis in the four centuries following the European Black Death (1347-1353). Here, we present new genomic evidence of the Second Pandemic from 11 sites in Europe, yielding 11 full and 15 lower-coverage genomes of Y. pestis dating to 1349-1710. To improve the dating information of our newly sequenced and previously published Y. pestis genomes, we present "Phylogenetically Informed Radiocarbon Modeling", an approach that integrates chronological information retrieved from phylogenetic analysis with respective RC dates, leading to more accurate and precise dating intervals. Together with a fine-grained analysis of recorded plague outbreaks, this allows us to tentatively associate 75 genomes of the Second Pandemic with historically documented plague outbreaks.

ترجمه فارسی چکیده

منشأ و گسترش پاندمی دوم طاعون در اروپا (قرن‌های ۱۴ تا ۱۸) هنوز به درستی درک نشده است، هرچند بیش از صد ژنوم باستان یرسینیا پستیس جمع‌آوری شده است. برای اکثر ژنوم‌های باستان، تاریخ‌های کربن-۱۴ معمولاً بیش از ۱۰۰ سال را پوشش می‌دهند که تنها اطلاعات زمانی موجود است. این امر مانع از ارتباط با شیوع‌های تاریخی و محدود کردن درک ما از میکروتولوژی و پلئوژئوگرافی Y. pestis در چهار قرن پس از طاعون سیاه اروپا (۱۳۴۷-۱۳۵۳) می‌شود. در اینجا، ما شواهد ژنوم جدیدی از پاندمی دوم از ۱۱ سایت در اروپا ارائه می‌دهیم که منجر به ۱۱ ژنوم کامل و ۱۵ ژنوم با پوشش کم Y. pestis به تاریخ ۱۳۴۹-۱۷۱۰ می‌شود. برای بهبود اطلاعات زمانی ژنوم‌های جدیداً توالی‌یابی شده و قبلاً منتشر شده Y. pestis، ما «مدل‌سازی کربن-۱۴ مبتنی بر فیلوژنتیک» را معرفی می‌کنیم، رویکردی که اطلاعات زمانی استخراج شده از تحلیل فیلوژنتیک را با تاریخ‌های کربن-۱۴ مربوطه ادغام می‌کند که منجر به بازه‌های زمانی دقیق‌تر و دقیق‌تر می‌شود. همراه با تحلیل ظریف شیوع‌های طاعون ثبت شده، این ما را قادر می‌سازد تا ۷۵ ژنوم پاندمی دوم را به طور موقت با شیوع‌های تاریخی طاعون مرتبط کنیم.

متن کامل اصلی