Identifying Co-Expressed lncRNAs Correlated With Traits of Interest in an Animal Model for Metabolic Diseases in Humans.

چکیده اصلی

Nutrigenomics investigates how nutrients modulate gene expression. Among them, fatty acids (FA) play important roles in regulating gene transcription, while long non-coding RNAs (lncRNAs) may be associated with gene regulation and metabolic diseases. This study aimed to analyze the hepatic transcriptome of pigs, a species frequently used as a model for nutrigenomic studies, to identify novel lncRNAs and their potential target genes in response to diets containing different sources of FA. Seventy-two pigs were fed four diets supplemented with 1.5% soybean oil (control), 3% canola oil, 3% fish oil, and 3% soybean oil. RNA sequencing of liver samples was performed to identify novel lncRNAs. Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA) was used to identify modules associated with phenotypic traits related to lipid metabolism and inflammation. Functional enrichment analyses were then conducted to annotate genes within these modules using Gene Ontology (GO) terms and to assess overlap with Quantitative Trait Loci (QTL). The results revealed 106 novel lncRNAs potentially regulating genes associated with lipid metabolism and immune responses in pigs fed diets with different FA sources. These findings enhance understanding of the regulatory role of lncRNAs in pigs and reinforce their relevance as models for human metabolic diseases.

ترجمه فارسی چکیده

نوروژنومیک بررسی می‌کند که چگونه مواد مغذی بیان ژن را تنظیم می‌کنند. در میان آن‌ها، اسیدهای چرب نقش مهمی در تنظیم ترنسکریپشن ژن دارند، در حالی که RNAهای غیرکدکننده طولانی (lncRNA) ممکن است با تنظیم ژن و بیماری‌های متابولیک مرتبط باشند. این مطالعه هدف آنالیز ترنسکریپتوم کبد خوک‌ها، گونه‌ای که اغلب به عنوان یک مدل برای مطالعات نوروژنومیک استفاده می‌شود، برای شناسایی lncRNAهای جدید و ژن‌های هدف بالقوه آن‌ها در پاسخ به رژیم‌های حاوی منابع مختلف اسید چرب بود. هفتاد و دو خوک با چهار رژیم غنی شده با 1.5% روغن سویا (کنترل)، 3% روغن کانولا، 3% روغن ماهی و 3% روغن سویا تغذیه شدند. توالی‌یابی RNA نمونه‌های کبد برای شناسایی lncRNAهای جدید انجام شد. تحلیل شبکه هم‌تعبیر ژن وزنی (WGCNA) برای شناسایی ماژول‌های مرتبط با ویژگی‌های فنوتیپی مرتبط با متابولیسم چربی و التهاب استفاده شد. سپس تحلیل‌های غنی‌سازی عملکردی برای برچسب‌گذاری ژن‌های داخل این ماژول‌ها با استفاده از اصطلاحات آنتولوژی ژن (GO) و ارزیابی هم‌پوشانی با لکوسی‌های ویژگی کمی (QTL) انجام شد. نتایج 106 lncRNA جدید را که ممکن است ژن‌های مرتبط با متابولیسم چربی و پاسخ‌های ایمنی در خوک‌های تغذیه شده با منابع مختلف اسید چرب را تنظیم کنند، آشکار ساخت. این یافته‌ها درک نقش تنظیمی lncRNAها در خوک‌ها را افزایش می‌دهد و اهمیت آن‌ها به عنوان مدل‌ها برای بیماری‌های متابولیک انسان را تقویت می‌کند.

متن کامل اصلی