Emergence of a Novel, Phenotypically Difficult-to-Detect Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Clone (ST117/CT7799).

چکیده اصلی

A significant increase of vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VREfm) infections was observed in South-Eastern Austria since 2024. The prolonged outbreak is caused by a novel vanB-VREfm clone (ST117/CT7799, "VREfmstyr"). This study characterizes the atypical difficult-to-detect resistance phenotype and assesses the genomic relatedness of the isolates. Patient and outbreak characteristics were investigated including whole genome sequencing of the isolates. Sensitivity of broth microdilution (BMD), gradient tests (GT), disk diffusion (DD), and automated susceptibility testing (VITEK2) was compared. The performance of commercial screening media was evaluated. From sporadic detections in early 2024 case numbers began to rise during the year. In 30/31 (97%) of all cases, intra-hospital transmission was considered likely and an association with invasive procedures was identified in most cases. Core genome multilocus sequence typing revealed only six allelic differences between VREfmstyr isolates collected in a 12-month period, all belonging to the E. faecium ST117/CT7799 lineage. BMD detected vancomycin resistance (MIC > 4 mg/L) in no more than 16/31 (52%) of isolates after 24 h incubation, while GT and DD misclassified all isolates. Only prolonged incubation improved the performance of these assays. VITEK2 analysis, however, correctly classified all 31 isolates. Of four commercially available VRE-screening agars, only one was capable of detecting VREfmstyr after 24 h incubation. The emergence and clonal dissemination of VREfm ST117/CT7799 reveals a serious diagnostic gap as commonly used diagnostic algorithms fail to reliably detect this resistance phenotype. Our findings should help to further evaluate the true geographical distribution and clinical significance of this novel VREfm clone.

ترجمه فارسی چکیده

از سال ۲۰۲۴، افزایش قابل توجهی از عفونت‌های *Enterococcus faecium* مقاوم به ونیسمایسین (VREfm) در جنوب شرقی اتریش مشاهده شد. این همه‌گیری طولانی‌مدت توسط یک کلون جدید VREfm با ژنوتیپ vanB (ST117/CT7799، «VREfmstyr») ایجاد شده است. این مطالعه ویژگی‌های مقاومت غیرمعمول و دشوار تشخیصی را توصیف می‌کند و مرتبط بودن ژنومی ایزولات‌ها را ارزیابی می‌نماید. ویژگی‌های بیمار و همه‌گیری از جمله توالی‌یابی ژنوم کامل ایزولات‌ها بررسی شد. حساسیت تست‌های رقیق‌سازی در محیط مایع (BMD)، تست‌های گرادیان (GT)، پخش روی دیسک (DD) و تست‌های مقاومت خودکار (VITEK2) مقایسه شد. عملکرد محیط‌های غربالگری تجاری ارزیابی شد. از تشخیص‌های پراکنده در اوایل سال ۲۰۲۴، تعداد موارد در طول سال افزایش یافت. در ۳۰ مورد از ۳۱ مورد (۹۷٪)، انتقال داخل بیمارستانی احتمالاً وجود داشت و در اکثر موارد یک ارتباط با پروتکل‌های تهاجمی شناسایی شد. توالی‌یابی چند لکوسیلی ژنوم هسته‌ای فقط ۵ تفاوت آللی را بین ایزولات‌های VREfmstyr جمع‌آوری شده در یک دوره ۱۲ ماهه نشان داد، که همه متعلق به خط ژنتیکی *E. faecium* ST117/CT7799 بودند. BMD در حداکثر ۱۶/۳۱ ایزولات (۵۲٪) پس از ۲۴ ساعت رشد، مقاومت به ونیسمایسین (MIC > ۴ mg/L) را تشخیص داد، در حالی که GT و DD همه ایزولات‌ها را اشتباه طبقه‌بندی کردند. فقط رشد طولانی‌مدت عملکرد این تست‌ها را بهبود بخشید. تحلیل VITEK2، با این حال، همه ۳۱ ایزولات را به درستی طبقه‌بندی کرد. از چهار آگار غربالگری VREfm تجاری موجود، فقط یکی قادر به تشخیص VREfmstyr پس از ۲۴ ساعت رشد بود. ظهور و انتشار کلونی VREfm ST117/CT7799 یک شکاف تشخیصی جدی را آشکار می‌کند، زیرا الگوریتم‌های تشخیصی رایج قادر به تشخیص reliably این پرفنوتیپ مقاومت نیستند. یافته‌های ما باید به ارزیابی بیشتر توزیع جغرافیایی واقعی و اهمیت بالینی این کلون جدید VREfm کمک کند.

متن کامل اصلی