Staphylococcus pettenkoferi: an underrecognized species with clinically relevant antimicrobial resistance. A comprehensive genomic European study.

چکیده اصلی

Staphylococcus pettenkoferi has increasingly been reported as a human pathogen, with virulence potential recently confirmed in vivo. However, its genomic diversity and antimicrobial resistance remain insufficiently characterized. This study, conducted within the PETTENK-OS project of the ESCMID Study Group for Staphylococci and Staphylococcal Diseases (ESGS), aimed to characterize the genomic diversity and resistome of this underrecognized coagulase-negative staphylococcus (CoNS). Whole-genome sequencing was performed on 61 European clinical isolates (mainly bloodstream infections and osteomyelitis) from 17 hospitals in five countries, plus two reference strains. Antimicrobial susceptibility profiles were determined by disk diffusion and broth microdilution (2025 EUCAST breakpoints). Phylogenetic analyses clustered the 63 isolates into two major clades: Clade I (n = 51; subclades I-A, n = 47, and I-B, n = 4) and Clade II (subclades II-A, n = 8, and II-B, n = 3). Susceptibility rates were below 70% for cefoxitin, erythromycin, and levofloxacin, whereas high susceptibility (>90%) was observed for vancomycin, teicoplanin, dalbavancin, aminoglycosides, oxazolidinones, trimethoprim-sulfamethoxazole, fusidic acid, and tetracycline. Nearly all isolates (92.1%) were fosfomycin-resistant. Daptomycin MIC50/90 values (1/2 mg/L) were elevated, including eight resistant isolates carrying mutations in walKR, cls1, and/or cls2 genes. Twenty-two isolates (35.4%) were multidrug-resistant, and 18 (28.6%) were methicillin-resistant, all in subclade I-A and mecA-positive within SCCmec type IV. This study provides a comprehensive genomic and phenotypic assessment of antimicrobial resistance in S. pettenkoferi, revealing widespread multidrug-resistant lineages, including ceftobiprole- and daptomycin-resistant isolates across distinct clades. These findings underscore the need for continued surveillance and improved diagnostics for this increasingly encountered CoNS species.

ترجمه فارسی چکیده

استافیلوکوکوس پتتنکوفر به عنوان یک عامل بیماری‌زای انسانی گزارش شده است، اما تنوع ژنومیک و مقاومت آنتی‌بیوتیکی آن هنوز به‌طور کافی مشخص نشده است. این مطالعه با هدف بررسی تنوع ژنومیک و مقاومت‌های آنتی‌بیوتیکی این استافیلوکوکوس منفی کوآژولاز (CoNS) انجام شد. توالی‌یابی ژنوم کامل بر روی ۶۱ ایزولات بالینی اروپایی (عمدتاً عفونت‌های خونی و استئومیلیت) از ۱۷ بیمارستان در پنج کشور و دو استراین مرجع انجام شد. تحلیل‌های فیلوژنتیک ایزولات‌ها را در دو شاخه اصلی دسته‌بندی کرد: شاخه اول (n = 51) و شاخه دوم. نرخ‌های حساسیت به داروهای مختلف گزارش شد. تقریباً همه ایزولات‌ها (۹۲.۱٪) مقاوم به فوسفومایسین بودند. ۲۲ ایزولات (۳۵.۴٪) چنددارویی مقاوم و ۱۸ ایزولات (۲۸.۶٪) مقاوم به متسیلین بودند. این مطالعه نشان می‌دهد که خطوط چنددارویی مقاوم گسترده‌ای در این گونه وجود دارد.

متن کامل اصلی