A Bacillus Phage From Bangladeshi Soil, Phage APU1: Genomic Characterisation and Comparative Genomic Analysis.

چکیده اصلی

Bacillus species are environmentally resilient bacteria associated with soil, food, industrial settings and opportunistic infections, yet their bacteriophages remain incompletely characterised, particularly from underexplored environmental sources. We isolated and characterised phage APU1, a dsDNA phage from agricultural soil in Bangladesh. Partial 16S rRNA gene sequencing identified the enrichment host conservatively as Bacillus sp. APU1 has a 153,847 bp genome that encodes 236 predicted proteins, including 84 shorter than 100 amino acids. CheckV classified the genome as high-quality, with an estimated completeness of 99.91% and no detectable host-gene contamination. Functional annotation identified genes associated with DNA replication, structural assembly, packaging and host lysis. PhaBOX classified APU1 as virulent, with PhaTYP and CHERRY prediction scores of 1.0. CARD/VFDB screening did not detect CARD-listed antimicrobial resistance genes or VFDB-listed virulence factor genes. Comparative genomic analyses using VICTOR, VIRIDIC and VIPTree placed APU1 within a group of related Bacillus phages. APU1 shared 89.7%-89.8% intergenomic similarity with its closest relatives, supporting its classification as a genomically distinct phage within this group. This study expands the genomic catalogue of Bacillus-associated phages from Bangladeshi soil and provides a foundation for future studies on phage diversity, host range, morphology and biological properties.

ترجمه فارسی چکیده

باسیلوس‌ها باکتری‌های مقاوم به محیط هستند که با خاک، غذا، محیط‌های صنعتی و عفونت‌های شانسی مرتبط‌اند، اما فاژهای آن‌ها هنوز به‌طور کامل توصیف نشده‌اند، به‌ویژه از منابع محیطی کمتر کاوش شده. ما فاژ APU1 را که یک فاژ DNA دو رشته‌ای از خاک کشاورزی بنگلادش بود، جداسازی و توصیف کردیم. توالی‌یابی ناقص ژن 16S rRNA میزبان غنی‌شونده را به‌صورت محافظه‌کارانه به باسیلوس sp. APU1 نسبت داد. فاژ APU1 دارای ژنوم ۱۵۳،۸۴۷ bp است که ۲۳۶ پروتئین پیش‌بینی‌شده را کدگذاری می‌کند، از جمله ۸۴ مورد کوتاه‌تر از ۱۰۰ آمینو اسید. CheckV ژنوم را با کیفیت بالا طبقه‌بندی کرد، با تخمین تکمیل ۹۹.۹۱٪ و بدون آلودگی ژن میزبان قابل تشخیص. برچسب‌گذاری عملکردی ژن‌های مرتبط با تکثیر DNA، مونتاژ ساختاری، بسته‌بندی و لیز شدن میزبان را شناسایی کرد. PhaBOX فاژ APU1 را به عنوان فاژ ویرولنت طبقه‌بندی کرد، با امتیازهای پیش‌بینی PhaTYP و CHERRY برابر با ۱.۰. اسکرینینگ CARD/VFDB ژن‌های مقاومت به آنتی‌بیوتیک فهرست‌شده در CARD یا ژن‌های عامل ویروس‌الگی فهرست‌شده در VFDB را تشخیص نداد. تحلیل‌های ژنوم مقایسه‌ای با استفاده از VICTOR، VIRIDIC و VIPTree APU1 را در گروهی از فاژهای مرتبط با باسیلوس قرار دادند. APU1 ۸۹.۷٪ تا ۸۹.۸٪ شباهت بین‌ژنومیک را با نزدیک‌ترین خویشاوندانش به اشتراک گذاشت، که این امر طبقه‌بندی آن به عنوان یک فاژ متمایز ژنومیک را در این گروه پشتیبانی می‌کند. این مطالعه کاتالوگ ژنومیک فاژهای مرتبط با باسیلوس از خاک بنگلادش را گسترش می‌دهد و پایه‌ای برای مطالعات آینده در مورد تنوع فاژ، محدوده میزبان، مورفولوژی و خواص زیستی فراهم می‌کند.

متن کامل اصلی