Metagenomic Insights Into Microbial Diversity of Tea Rhizosphere of the Kangra Valley.

چکیده اصلی

This study provides the first metagenomic assessment of microbial diversity from the tea rhizosphere of the Kangra valley. Tea rhizosphere soil samples were collected from 4 locations (Dharamshala, Baijnath, Palampur, and Joginder Nagar) of the Kangra valley. DNA extracts of rhizosphere samples were analysed for bacterial and Archaeal diversity using amplicon sequencing (V3-V4) region of the 16S rRNA gene and Fungal diversity using ITS1 and ITS2 regions. Baijnath and Palampur samples showed the highest bacterial richness, while Dharamshala and Palampur had the highest fungal richness. Proteobacteria was a dominant phylum in all the rhizosphere samples, followed by Firmicutes, Actinobacteria, Acidobacteria, and Bacteroidetes. A total of 11 fungal phyla were identified among all the locations, with abundance of Ascomycota and Basidiomycota. For the Archaea domain, uncultured archaeon and Aeropyrum camini were the most common found among all the locations. A small fraction (< 0.5%) of Bacillus and Pseudomonas species were observed among all the locations. Alpha and beta diversity indices displayed notable differences within and between microbial diversities. Soil factors were variably associated with microbial diversity, with nitrogen positively aligned with fungal diversity, while EC and K were associated with Archaeal diversity. Soil pH and OM% showed moderate associations with bacterial diversity. These findings provided valuable and comprehensive insights into tea rhizosphere microbial ecology and could be used to better understand microbial functions and their role in plant health.

ترجمه فارسی چکیده

این مطالعه اولین ارزیابی متاژنومیک تنوع میکروبی را از خاک ریشه چای در دره کانگرا ارائه می‌دهد. نمونه‌های خاک ریشه چای از ۴ مکان (دهرامشالا، بایجنات، پالامپور و جوگیند نگر) جمع‌آوری شدند. DNA‌های استخراج شده از نمونه‌های ریشه برای تنوع باکتری و آرکی‌ها با استفاده از توالی‌یابی آمپلیکون (منطقه V3-V4) ژن ۱۶S rRNA و تنوع قارچی با استفاده از مناطق ITS1 و ITS2 تحلیل شدند. نمونه‌های بایjnath و پالامپور بالاترین ثروت باکتریایی را نشان دادند، در حالی که دهرامشالا و پالامپور بالاترین ثروت قارچی را داشتند. پروتئوباکتریا شاخه غالب در تمام نمونه‌های ریشه بود، که به دنبال آن Firmicutes، Actinobacteria، Acidobacteria و Bacteroidetes قرار داشتند. مجموعاً ۱۱ شاخه قارچی در تمام مکان‌ها شناسایی شد، با غلظت Ascomycota و Basidiomycota. برای دامنه آرکیا، Archaeon بدون کشت و Aeropyrum camini شایع‌ترین گونه‌های یافت شده در تمام مکان‌ها بودند. یک کسر کوچک (< 0.5%) از گونه‌های Bacillus و Pseudomonas در تمام مکان‌ها مشاهده شد. شاخص‌های تنوع آلفا و بتا تفاوت‌های قابل توجهی را درون و بین تنوع‌های میکروبی نشان دادند. عوامل خاک به طور متغیری با تنوع میکروبی مرتبط بودند، با این حال که نیتروژن به طور مثبت با تنوع قارچی هم‌راستا بود، در حالی که EC و K با تنوع آرکیا مرتبط بودند. pH خاک و درصد OM نشان دادند همبستگی‌های متوسطی با تنوع باکتریایی. این یافته‌ها بینش‌های ارزشمند و جامعی از اکولوژی میکروبی خاک ریشه چای ارائه داد و می‌تواند برای درک بهتر توابع میکروبی و نقش آن‌ها در سلامت گیاه استفاده شود.

متن کامل اصلی